Pengobatan untuk ensefalopati bervariasi, tergantung pada apa penyebabnya. Bentuk pengobatan bisa berupa obat untuk mengobati gejala, dan obat atau operasi untuk mengatasi penyebab khusus dari ensefalopati.Dokter dapat merekomendasikan suplemen nutrisi untuk memperlambat kerusakan pada otak, atau pola makan khusus untuk mengobati penyebab yang spesifik. Dalam kasus tertentu, misalnya ketika otak tidak menerima cukup oksigen, penderita dapat mengalami koma (penurunan kesadaran berat di mana penderitanya tidak dapat merespons terhadap rangsangan).Dalam kasus yang lebih parah, dokter dapat menganjurkan penggunaan alat penunjang hidup untuk membantu penderita tetap hidup.