Hipospadia umumnya dapat di diagnosis melalui pemeriksaan fisik, termasuk pemeriksaan penis, yang dilakukan oleh dokter saat bayi laki-laki tersebut lahir. Tingkat keparahan kelainan ini ditentukan dari tempat pembukaan uretra yang ada pada penderita. Semakin dekat pembukaan uretra pada pangkal penis, maka semakin tinggi tingkat keparahan pada kelainan ini.